元朝，朝廷大力扶持对外贸易。至元十四年（1277年）朝廷诏地方官唆都、蒲寿庚对外宣谕：各国海商来泉州贸易宠礼优待，往来互市各从所欲。在朝廷的鼓励、扶持下，泉州海外贸易逐渐走向巅峰，成为我国最主要的对外贸易商港，和泉州通商贸易的国家与地区近百个，是“梯航万国”、舶商云集的东南巨镇，“缠头赤脚半番商，大舶高樯多海宝”（宗泐《清源洞图》《全室外集》卷4），刺桐港成为世界大港，与埃及亚历山大港并称于世。当时的翰林学士吴澄《送姜曼卿赴泉州路录事序》记载：“泉，七闽之都会也。番货远物、异宝珍玩之所渊薮，殊方别域富商巨贾之所窟宅，号为天下最”（《吴文正公集》卷16）。泉州当时设有蕃坊让外国客商居住，泉州成为容纳来自海外包括东南亚、印度、阿拉伯地区、波斯、欧洲、犹太地区等地的各国侨民，各种文化、各种宗教和平共处，相互学习、共同发展的“世界的泉州”。伴随着蕃商云集，外来的伊斯兰教、摩尼教（明教）、印度教、古基督教等多种宗教在泉州大为发展，各种宗教和谐共处，成为世界典范，造就了泉州“世界宗教博物馆”的美誉。当时许多阿拉伯、波斯穆斯林客商涌向泉州，伊斯兰教盛极一时，泉州伊斯兰教寺增至六七座；明教亦势力大盛，晋江罗山苏内村华表山麓的草庵，是唯一保留至今的元代明教寺院，庵内摩尼光佛石刻造像，为浮雕趺坐像，背后放射佛光，散发披肩，面相圆润，神态庄严，衣饰简朴，是世界上唯一保存下来的摩尼佛石雕像；印度教也繁荣发展，当时侨居泉州的印度商人们曾建造一座规模宏大、富丽堂皇的印度教寺，泉州人称之为“蕃佛寺”；古基督教聂斯脱里派，我国称为景教，元时泉州是管领江南诸路景教（蒙语称“也里可温”）的所在地，至迟在大德十年（1306年），泉州建有一座礼拜堂，称兴明寺，皇庆二年（1313年）泉州建立天主教区，之后泉州主教区教徒达一万人之多，当时泉州城东门“雄壮华丽”的大圣堂，是一位富有的亚美尼亚妇人建造的，她去世后便把教堂献给刺桐的主教哲拉德和圣方济各会。至元二十八年（1291年），入仕元朝的意大利人马可·波罗奉命护送阔阔真公主远嫁波斯伊儿汗国阿鲁浑汗，率领庞大船队从刺桐港出海，他在游记中写道：“刺桐是世界上最大的港口之一，大批商人云集这里，货物堆积如山，的确难以想象。”五十多年后，摩洛哥旅行家伊本·白图泰来到泉州，他在游记中说：“刺桐港为世界最大港之一。由余观之，即谓世界最大之港，亦不虚也。余见港中有大船百余，小船则不可胜数矣！”罗马教皇使节玛黎诺里（意大利人）来华，回国时也由泉州放洋，他在《奉使东方录》中说：“刺桐港为大商港，面积广大，人口众庶。”到了元末，持续十年之久“亦思巴奚战乱”，对泉州破坏极大，泉州海外交通贸易受到严重打击。
泉南基督教堂
海上丝绸之路架起了中外信仰双向交流的桥梁，不仅中国的信仰向海外传播，海外宗教也纷至沓来。泉州作为海上丝绸之路的重要港口，伴随经济活动而来的摩尼教、基督教、伊斯兰教、印度教等各种外来宗教在此与中国的本土宗教不期而遇，碰撞、交流、融合，演绎了文明对话的动人故事。
伊斯兰教
中国和阿拉伯地区早在2000多年前就建立了联系，伊斯兰教兴起后，信徒们秉持“求知去吧，哪怕远在中国”的圣训，纷纷东来。在泉州东郊绿意掩映的灵山上，长眠着两位阿拉伯穆斯林先贤。相传他们于唐初来这里传教，后来卒葬于此，因夜发灵光，被泉州人尊称为“圣墓”，这是伊斯兰教传入中国最早的史迹之一。
花巷天主教堂
清净寺
宋元时期，许多阿拉伯人、波斯人来到泉州，伊斯兰教获得前所未有的发展，曾有清净寺六、七座，其中矗立在涂门街的清净寺已有一千多年的历史。这座清净寺，原名“艾苏哈卜寺”，始建于北宋大中祥符二年（1009），元至大二年（1309），耶路撒冷人阿哈玛特重修了清净寺门楼，更显宏伟壮观。泉州清净寺是中国与阿拉伯国家友好交往的历史见证，也是泉州海外交通的重要史迹。
泉州清净寺
基督教
传入泉州的基督教主要有两个派别，一是聂斯托里派，即景教；一是圣方济各会派，元代并称为“也里可温”。
元代泉州的景教十分活跃，曾有一座名为兴明寺的景教寺，主持是吴咹哆呢嗯（口加思），总管着泉州地区的基督教事务。元代方济各会派由约翰·孟德高维奴传入北京，在北京建立教堂，设置了总主教区。
当时的泉州是天主教的一个传播中心，先后有三任主教由北京派驻泉州，他们是哲拉德·阿布意尼、佩莱格林·卡斯特洛、安德烈·佩鲁贾。
在安德烈的一封写给家乡的述职报告中，描述了泉州的繁盛和他在泉州传教取得的成就。他提到，在哲拉德担任泉州主教期间，一位富有的亚美尼亚妇女建了一座雄伟华丽的教堂，并将此教堂交给哲拉德主教等人，死后还馈赠了一大笔捐款。现在这座教堂已经成为总教堂。由于传教事业的发展，安德烈用帝国发给的薪金在泉州郊区的小树林里建造了一座华丽的教堂。
他还谈到当时宗教信仰自由的情况，他写道：“在此大帝国境内，确有天下各国和各宗教派别之人，所有的人皆可按照各自教派而生活。”
意大利方济各会士鄂多立克游历泉州时看到两座教堂，后来的意大利传教士马黎诺里（Marignolli）来到泉州则记载了三座教堂。明清以来，泉州基督教也有很大发展，其中泉南基督教堂和花巷天主教堂颇具盛名。
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